住宅購入の登録免許税と登記費用｜確認する内訳と支払時期

住宅購入の見積書に「登記費用」とまとまって書かれていると、何にいくら払うのか分かりにくいものです。実際には、国に納める登録免許税、専門家への報酬、証明書の取得などの実費が含まれます。

登記費用は、登記の種類と、税金・報酬・実費の内訳を分けて確認しましょう。この記事では、新築や住宅購入で必要になる主な登記と、軽減税率、支払い準備の進め方を解説します。

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登録免許税は、所有権や抵当権などの登記にかかる税金

不動産登記は、土地・建物の所在や面積、所有者、権利関係などを公示する仕組みです。住宅購入では、所有権の移転、所有権の保存、住宅ローンの担保となる抵当権の設定などを行います。

土地を購入して家を建てる場合は、土地購入時の登記と、建物完成時の登記が別の時期に必要になることがあります。建売住宅の購入でも、建物の登記状況によって手続きが異なるため、見積書にある登記名を確認してください。

登録免許税は、これらの登記申請に伴い納付する国税です。不動産を取得したことにかかる不動産取得税とは別に計上します。登記費用を払ったから取得税も払った、ということにはなりません。

住宅購入に関する主な登録免許税（2026年9月8日確認）
登記の種類	課税標準の基本	本則税率	主な軽減税率
土地の売買による所有権移転	不動産の価額	2％	1.5％（2029年3月31日までの登記）
建物の所有権保存	不動産の価額	0.4％	一定の住宅用家屋は0.15％
建物の売買による所有権移転	不動産の価額	2％	一定の住宅用家屋は0.3％
住宅取得資金の抵当権設定	債権金額	0.4％	一定の要件を満たす場合0.1％

住宅用家屋の一般的な軽減は、2027年3月31日までの新築・取得と、新築・取得後1年以内の登記などが条件です。土地の売買による移転登記の特例とは期限が違います。登記予定日だけでなく、新築・取得日も確認しましょう。

この表は主な住宅購入のケースです。相続・贈与などの登記原因、認定住宅の特例、借り換えに伴う登記などは別に確認が必要です。表にある最も低い税率を、すべての登記に使うことはできません。

所有権の登記に使う「不動産の価額」は、原則として固定資産課税台帳の登録価格です。価格がまだ登録されていない新築建物などは、登記官が認定した価額を使います。工事費や売買価格から一律の割合で推定しないでください。

一方、抵当権設定の課税標準は債権金額です。住宅の評価額と借入額は別の数字なので、見積書にどちらを使っているか確認します。複数の不動産や担保設定がある場合は、計算と申請の組み方も専門家に確認しましょう。

一般的な新築住宅の特例では、自分が住むための家屋であること、登記上の床面積が50㎡以上であること、新築・取得後1年以内の登記であることなどが要件です。

登録免許税の面積要件を、2026年に40㎡へ見直された不動産取得税などと混同しないでください。同じ家に関する税金でも、制度ごとに適用条件と面積の見方を照合する必要があります。

軽減を受ける際は、市区町村が発行する住宅用家屋証明書などを登記申請時に用意します。誰が申請して、いつまでに証明書を取得するのかを、司法書士等と事前に確認してください。転居前の申請や併用住宅などは、追加資料や個別の確認が必要になる場合があります。

要件を満たす認定長期優良住宅では、所有権保存登記が0.1％、所有権移転登記は戸建てが0.2％、共同住宅が0.1％となる特例があります。認定低炭素住宅にも保存・移転登記の特例がありますが、対象と必要書類をそれぞれ確認します。

単に「省エネ住宅」と説明されたことだけでは適用を判断できません。認定の有無、住宅の区分、新築・取得の状況を証明書類で確認しましょう。認定住宅の所有権登記の税率を、抵当権設定にもそのまま使うわけではありません。

説明用に、土地の価額1,200万円、新築建物の認定価額1,000万円、住宅ローン3,000万円と仮定します。2026年に登記し、土地の1.5％、建物保存の0.15％、抵当権設定の0.1％の軽減がすべて適用できる単純な例です。

この22万5,000円は、専門家報酬や証明書代などを含まない税額だけです。実際には登記の組み合わせ、共有、担保の設定方法、軽減要件などを確認して見積もります。購入価格や建築費の合計が、この例の評価額の合計と同じになるわけでもありません。